Am 13. April 1988 wurde der Förderverein Deutsches Marinemuseum e.V. gegründet, sein Gründungszweck war die Förderung eines Marinemuseums. „Hierzu sollte eine Stiftung ins Leben gerufen werden, die marine- und marinewerftbezogene Exponate zusammentragen und in einem Museum der Öffentlichkeit zugänglich machen sollte“.
Erster Vereinspräsident wurde Vizeadmiral a.D. Günter Fromm, Vizepräsidenten Honorarkonsul Friedrich A. Meyer und Stadtdirektor Arno Schreiber. Im Juli 1988 zählte der Verein 50 Mitglieder.
Nach der ersten Denkschrift von 1987 findet 1988 im Rahmen der wissenschaftlichen Vorarbeiten für das Museum ein wissenschaftliches Symposium statt, mit dem die Grundlagen für eine Konzeption des projektierten Museums erarbeitet werden sollen. Die Historikerin Ellen Mosebach-Tegtmeier erarbeitete hieraus 1989 ein Rahmenkonzept zur Konkretisierung des geplanten Museums. Die Ausstellung sei nicht auf eine vermeintlich wertfreie Präsentation von Objekten zu reduzieren, sondern habe sich auch mit den generellen Fragen nach Krieg und Frieden zu beschäftigen.
Inzwischen ziehen jedoch dunkle Wolken über dem geplanten Museum auf. Als die Stadt wegen inhaltlicher Differenzen mit dem Förderverein über die Ausrichtung des Museums und wegen knapper finanzieller Mittel ihren Ausstieg aus dem Projekt erklärt, scheint dieses bereits nach kurzer Zeit wieder gescheitert. Präsident Fromm erklärte 1991 seinen Rücktritt, sein Nachfolger wird Flottillenadmiral a.D. Alfons Teipel. Der Verein hat 150 Mitglieder, eine Stiftungsgründung ist nicht in Sicht.
Nach der generellen Absage der Stadt entscheidet sich der Förderverein 1994, das Projekt alleine fortzuführen. An der Spitze stand nun Konsul Friedrich A. Meyer, Vizepräsidenten wurden Sparkassendirektor Martin Grapentin, Stadtrat Jens Graul und Kapitän zur See a.D. Hans-Georg Nippe. Der Förderverein wurde nun selbst Träger des Museumsprojektes, der Weg zu einem frei finanzierten, privatwirtschaftlich geführten Museum geöffnet.
Inzwischen war auch eine attraktive Lösung als endgültiger Standort in Sicht. Das Gebäude der ehemaligen Scheibenhof-Werkstatt hatte die Stadt 1995 vom Wasser- und Schifffahrtsamt erworben, zunächst, um es für Parkplätze abzureißen, und nun, nach einer baulichen Begutachtung, um es zu erhalten. Zur Mittelbeschaffung für Baumaßnahmen und Projektbearbeitung war eine Mischfinanzierung aus Spenden und Fremdmitteln vorgesehen. Besonders die Sparkasse Wilhelmshaven engagierte sich als Sponsor für das Museumsprojekt! Weitere Spenden kamen von der Gerd-Möller-Stiftung, der Niedersächsischen Sparkassenstiftung und der Kulturstiftung der Öffentlichen Versicherungen. Und auch von der Volksbank Wilhelmshaven kam Unterstützung, der Erlös des „Weihnachtstalers 1996“ kam dem Förderverein zugute.